Mimo że CLK traktowany jest jako klasa E z dwudrzwiowym nadwoziem, podobnie jak poprzednik, W209 bazuje na rozwiązaniach technicznych mniejszego Mercedesa klasy C (tym razem typoszeregu W203). Samochód ma całkiem solidną budowę, usterki dotyczą przeważnie rozbudowanej elektroniki. W przypadku turbodiesli odradzamy korzystanie z usług firm oferujących tzw. "chiptuning". Z większą od nominalnej mocą kiepsko radzą sobie standardowe hamulce i - co gorsza - elementu układu przeniesienia napędu. Po zwiększeniu mocy często dochodzi do uszkodzenia skrzyni biegów lub sprzęgła, co w przypadku tego auta generuje koszty idące w tysiące złotych.