Druga generacja Ypsilona trafiła do sprzedaży w 2003 roku i produkowana była do 2011 roku. Do budowy auta wykorzystano płytę podłogową Punto drugiej generacji, jednak nie wszystkie części są wymienne między tymi modelami. Tak naprawdę Ypsilon II najbardziej jest spokrewniony z Lancią Musa i Fiatem Idea.
Oczywiście Ypsilon wyróżnia się stylistyką, a to oznacza... kłopot z dostępem do części blacharskich. Części karoseryjne dostępne są praktycznie wyłącznie w ASO (brak tanich zamienników), w cenach znacznie przekraczających ceny części np. do Punto II. Co gorsza, również oferta na rynku elementów używanych jest dość mierna, a to ze względu na znacznie ograniczoną popularność Yspilona. Dlatego szukając pierwszego samochodu lepiej wybrać... Fiata.
Lancia Ypsilon II nie cierpi na poważne przypadłości. Czasami daje jednak o sobie znać fiatowska jakość niektórych podzespołów. Silniki i skrzynie biegów należą raczej do bezawaryjnych, jeśli nie liczyć wycieków oleju.
Typowe usterki dotyczą jedynie przejętego z Punto zawieszenia (wahacze, końcówki drążków), które nie jest zbyt odporne na nasze drogi (ale uwaga: wahacze, choć podobne, nie są identyczne z tymi z Punto; ceny wynoszą, w zależności od producenta, około 200-350 zł). Z tyłu zastosowano belkę sztywną, która jest dość odporna na zużycie.
W Lancii Ypsilon, podobnie, jak w wielu Fiatach, występują problemy z pękającymi obudowami alternatorów (które z racji umiejscowienia narażone są na częsty kontakt z wodą).
Ypsilon II oferowany był z silnikami benzynowymi (znacznie bardziej popularne i sensowne w samochodzie miejskim) oraz dieslem 1.3 JTD. W zakresie jednostek benzynowych najpewniejszym wyborem jest sprawdzony, ośmiozaworowy silnik o pojemności 1.2, który znalazł zastosowanie również w trzeciej generacji Ypsilona. Jest to prosta i bezawaryjne konstrukcja, która zużywa niewiele paliwa. Jedyny zarzut można mieć do niskiej mocy (60 KM) i słabych osiągów.
Więcej mocy zapewnia szesnastozaworowy silnik 1.2 o mocy 80 KM. W tym wypadku auto jeździ znacznie lepiej, zużywa niewiele więcej paliwa, jednak serwis będzie już kosztował więcej. Ostatni silnik benzynowy ma pojemność 1.4 l i 95 KM mocy. Nie odkryjemy Ameryki stwierdzając, że osiągi są godne uznania, ale zużycie paliwa i koszty serwisu będą znacznie wyższe.
W Ypsilonie II montowany był również diesel 1.3 JTD, który występował w różnych wariantach mocy. Jest to jednostka wykonana w technologii common-rail. Generalnie fiatowskie silniki JTD cieszą się dobrą opinią, warto jednak rozważyć sens zakupu miejskiego samochodu z silnikiem wysokoprężnym. Naturalnemu zużyciu ulegać będzie turbosprężarka i wtryskiwacze, a koszt ich naprawy nie jest niski, warto również dbać o poziom oleju. Oczywiście zużycie paliwa znajduje się na niskim poziomie, jednak trzeba dobrze przeliczyć, czy to zrównoważy koszt ewentualnych napraw skomplikowanego technicznie silnika wysokoprężnego.
Czy jest sens kupować Lancię Ypsilon II? Samochody kuszą bogatym - jak na auto miejskie - wyposażeniem i niskimi cenami na rynku wtórnym. Koszt serwisu będzie na pewno wyższy niż w wypadku np. Fiata Punto II czy Fiata Idea (chociaż można go dość znacznie zminimalizować), jednak auto kusi stylem i jakością materiałów. Ze względu na nietypowość samochodu, mogą pojawić się problemy z późniejszą odsprzedażą, szczególnie za pomocą ogłoszeń (wiele osób w ogóle "nie kojarzy" Ypsilona). Debiut III generacji tego modelu wpłynie pozytywnie na ceny używanych egzemplarzy II generacji.